مسائل پیرامون آزمون‌های دستیاری پزشکی همواره یکی از بحث‌های داغ میان داوطلبان و مسئولان بوده است. هر ساله اعتراضاتی در مورد نحوه برگزاری، تصحیح سؤالات و اعلام نتایج مطرح می‌شود. در آزمون دستیاری ۱۴۰۳ نیز مشابه سال‌های قبل، برخی داوطلبان به نحوه طراحی و پاسخگویی به سؤالات اعتراض کردند.
این موضوع باعث شد که انجمن پزشکان عمومی به عنوان یکی از نهادهای صنفی مرتبط با جامعه پزشکی، به نمایندگی از داوطلبان، از وزارت بهداشت درخواست شفاف‌سازی و بررسی دقیق اعتراضات را داشته باشد.
جمعی از داوطلبان پنجاه و یکمین آزمون دستیاری به نتایج اعلام‌شده اعتراض کرده‌اند و مدعی هستند که تعداد قابل توجهی از سؤالات آزمون از نظر علمی مشکل‌دار بوده و پاسخ‌های منتشر شده توسط سنجش پزشکی نیز مخدوش هستند. داوطلبان معتقدند که این اشکالات علمی نه‌تنها به عدالت آموزشی ضربه می‌زند، بلکه اعتماد به سیستم آزمون‌های پزشکی را نیز تحت تأثیر قرار می‌دهد.
انجمن پزشکان عمومی بر این باور است که شفافیت در فرآیند بررسی اعتراضات به آزمون‌های مهمی مانند دستیاری می‌تواند باعث اعتمادسازی بیشتر در میان داوطلبان و جامعه پزشکی شود و به بهبود کیفیت آزمون‌های آتی کمک کند.